Hola,
que recuerde podrías utilizar Acunetix Web Vulnerability Scanner.

Puedes encontrar una versión de prueba en http://www.acunetix.com/ y también puedes encontrar el manual en:
http://www.acunetix.com/vulnerability-scanner/wvs3manual.pdf

Espero que esa te sirva, sino comentamelo y pienso en otras.

Ya nos cuentas que tal va esa herramienta.

Saludos.